Régis a invité son grand-père sur une île. Ce dernier accompagné par Jacky s'y rend en bateau, mais ils sont attaqués pas un Ptéra. Ils apprennent par le biais de Régis et d'une autre scientifique, qu'il s'agit d'un Ptéra incontrôlable ramené à la vie à partir d'un fossile.
Ils rencontrent également une petite fille qui s'est liée d'amitier avec tous les Pokémon de l'île et qui va les aider à calmer Ptéra. Mais la préscence de ce Pokémon fossile attire également Butch et Cassidy...