Toujours en route vers Cimetronnelle, le groupe rencontre deux scientifiques accompagné d'un Morpheo, qui travaillent à l'institut météorologique, dans lequel on fait des recherches sur les catastrophes météorologiques, l'institut posséde aussi une parabole permettant de changer le temps.

Un hélicoptère de la Team Aqua débarque et les briguant prennent tous les scientific en hotage avec des Colhomard, même la Team Rocket se fait capturer, mais la Team Aqua est là pour dérober des infos sur les pokémon antiques Groudon et Kyogre, mais pour cela ils leur faut accéder a un fichier sur un ordinateur, ce qui nessecite une carte magnétique, heureusement le scientifique qui la posséde confie sa carte à Morfeo qui va chercher les morveux, mais la Team Aqua est à leur poursuite, finalement tous les morveux se font coincer par la Team Aqua, mais une des scientifiques se montre sous son véritable visage, un espion de la Team Magma infiltré dans le centre météo, et qui a volé les infos que cherchait la Team Aqua, il s'enfuit avec ces infos, et la Team Aqua repart bredouille.