Vous incarnez un garçon ou une fille (comme dans tous les jeux) qui vit dans la ville de Bourg Persil, vous vous réveillez dans un hameau de cabanes un peu plus loin. Arrivé en ville, vous rencontrez le professeur Basile qui vous laissera choisir votre premier pokémon, compagnon tout au long de l'aventure. Aprés quoi, vous pourrez vous rendre à l'arène Pokémon de la ville (Oui, une arène sera présente dès la première ville de départ) qui sera de type Psy. Une fois celle-ci terminée, vous pourrez sortir de la ville et choisir un des deux chemins (le troisième étant bloqué) qui vous mènera soit à une nouvelle zone des Ruines Zarbi dans laquelle vous trouverez une nouvelle arène, construite sur une pyramide Zarbi, de type Roche cette fois. Une fois terminée, vous devrez donc accéder au second chemin, qui vous mènera au village de Cannelia, dans lequel se trouvera une arène de type électrique. Une fois celle-ci terminée, vous pourrez enfin accéder au troisième chemin qui, jusqu'ici, était inaccessible. Vous y rencontrerez pour la première fois un sbire de la Team Fusion (le nom n'est pas définitif), le sbire possèdera un seul Pokémon : MELOPLASMA (inutile de vous expliquer ce que c'est) Une fois vaincu, il repart en vous annonçant qu'il vous retrouvera... Ensuite, vous continuerez votre aventure en enchaînant les arènes, jusqu'à la sixième, lorsque deux sbires de la Team adverse se dressent contre vous, vous les combattez et gagnez. Ensuite, vous continuez les septièmes, huitièmes, neuvièmes et dixième arènes, après quoi, des sbires se dressent contre vous une nouvelle fois. Ils vous annoncent qu'ils essaient de créer un portail permettant de fusionner le monde Pokémon au monde DISTORSION ! Mais ils ignoraient que vous remporteriez le combat... Vous vous empressez de prévenir le Professeur de cette catastrophe avant qu'il ne soit trop tard. Il vous dit que le seul moyen de lutter est de créer votre propre Team afin d'empêcher les projets de la Team. Vous en profitez pour finir les onzièmes et douzièmes arènes, après quoi vous devrez parcourir toute la région en quête de dresseurs dignes et expérimentés pour remplir votre Team. Vous êtes en route pour le conseil 4 Pokémons lorsque la Team Fusion complète se dresse contre vous. Un combat long et épique est alors ouvert où vous controlerez les membres de votre Team en utilisant les Pokémons de niveau spécifique aux entraîneurs que vous aurez recrutés. Vous terminerez alors ce combat contre le Boss de la Team qui se révèle être Helio, le futur créateur de la Team Galaxie. Votre rival arrive alors pour faire le conseil 4, mais il s'arrête pour vous aider à vaincre Helio. Une fois le combat épique terminé, vous et votre rival allez faire le conseil 4, une fois celui-ci terminé, un ultime combat contre votre rival s'impose, que vous gagnerez, et après lequel vous serez alors déclaré comme le meilleur dresseur de tous les temps...