En l'an 3000 sur une planète x, les Anthropokémon étaient le résultat d'une fusion entre un pokémon et un humain souffrant d'une maladie grave devenue épidémique depuis 2048. Cette fusion peut miraculeusement soigner n'importe quel humain à condition que la maladie soit bien identifiée. En effet, les scientifiques ont découvert que les maladies propagées comportent différentes types tels que l'eau, le feu, le sol, le poison ou encore le spectre. Un humain doit obligatoirement s'associer à un type efficace ou le même type que la maladie pour guérir partiellement. Partiellement, car cette fusion ou association (cela dépend comment les gens interprètent cette façon de faire), transforme physiquement l'être humain. Les scientifiques ne savent toujours pas comment éviter que l'être humain subisse un changement physique en absorbant des gènes pokémon.

Une jeune fille-pokémon d'une vingtaine d'années fait alors son apparition : elle décide de résoudre ce problème avec l'aide de son père qui est mécanicien. Le projet est là mais pas le financement. Ils se tournent donc vers La Team Rocket, l'organisation la plus riche depuis 2058 pour demander une aide financière pour construire une capsule à voyager dans le temps.

La Team Rocket impose cependant une condition à cette finance : que l'un des membres de la Team Rocket puisse se joindre à Sonia dans son voyage. Sonia, comme tous les autres habitants, déteste la TRC (Team Rocket Corporation). Elle déteste le vantardise, leur prétention, et par dessus tout, le chantage : leur pouvoir dominant oblige à tous les habitants de passer par la TRC (qui a racheté tous les remèdes à tous les scientifiques) pour obtenir le remède. Sonia avait deux jours avant le contrat. La veille, son père lui explique :
"Le plus important, c'est d'empêcher le déchirement de la couche d'Ozone que Rayquaza avait fait pour empêcher la destruction de la Terre en 2048. Si Rayquaza parvient à ouvrir cette couche à nouveau, alors ton voyage sera vain et la Team Rocket aura alors tout gagné ! Si tu parviens à empêcher l'Apocalypse, Rayquaza n'interviendra pas et la maladie qui vient de l'espace, ne se répendra pas sur la Terre. Et ça ne sera après cela que tu pourras affronter la Team Rocket. En attendant, laisse ta colère de côté et sauve la Terre !"

Sage et compréhensive, Sonia a accepté de jouer le jeu et une navette (à la place d'une capsule à une place) a été construite en deux semaines.
Le jour J, Sonia monte à bord avec Nathan (un des membres de la Team Rocket), ambitieux, loyal à la Team Rocket et prêt à tout. Ce dernier fera tout pour que la TRC soit riche, glorieuse et puissante dix 52 ans plus tôt (c'est-à-dire, 2048, le jour où Rayquaza percera la couche d'Ozone pour sauver la terre d'une Apocalypse).

Cependant, Sonia et Nathan ignorent comment cette Acpocalyse s'était produite. Vivre dans un passé qu'ils n'ont pas connu, ça va être le défi qu'ils vont relever. Une course qui se croisera sûrement. Qui parviendra à écraser l'autre avant qu'il atteignent son but ?

(l'histoire d'une guerre pokémon créée par la Team Galaxie. Les Hommes s'affrontent avec leur pokémon forcés à se battre. Dialga et Palkia, maîtres du temps et de l'espace réagissent et détruisent espace et temps pour reconstruire tout ça : ce que désirait la Team Galaxie.

Ce nouveau monde est ... étrange... les pokémon ne servent plus d'armes de combat : la poké ball n'existe plus, le contrôle humain sur eux n'existe plus. L'homme n'a cependant pas changé, sauf quelques événements comme la fabrication de la pokéball etc... ! Les mémoires sont intactes : la malédiction des deux pokémon légendaires servent à rappeler à quel point ils ont été ignobles et comme punition, ils ne peuvent plus se servir des pokémon pour quoi que se soit.
L'homme cherchera à savoir comment réparer cette faute et ça ne sera pas sans mal qu'il y parviendra... si bien sûr les deux pokémon légendaires se décident à leur en donner le droit... )

La Deuxième Guerre Mondiale a eu lieu un mardi en 2074, le jour où notre héros s'est fait massacré en essayant d'arrêter ce massacre inutilement répété.
Comme tout être humain, il va être réincarné. La réincarnation consiste à avoir une autre vie. Elle passe par ce qu'on appelle des Nettoyeurs et ce qu'on appelle Dieu les réincarne. Notre héros, de nature bon et vaillant, a été perçu comme l'élément clé pour ramener le monde pokémon aussi paisible qu'il avait pu être en 2012. Le Nettoyeur qui était censé effacer la mémoire de notre héros ne l'a fait que partiellement, lui laissant des souvenirs de ce qui va être sa vie antérieure. Cette transgression lui a coûté la vie : il a également été réincarné sous la décision de la Maîtresse Nettoyeur. Elle a jugé l'acte du nettoyeur bon et au lieu de le réincarner en une misérable fourmis, elle lui accorde une autre vie humaine avec comme reste de ce qui va être sa vie antérieure, les souvenirs du monde pokémon.
Ces deux personnages se réincarnent dans un monde qu'on appelle humain. En apercevant le dessin animé ou encore les jeux vidéos où les pokémon apparaissent, nos deux protagonistes ont des flash-backs mais ignorent encore la raison de ces derniers.
Notre héros, depuis sa réincarnation, est mauvais, mesquin et n'épprouve aucune compassion envers qui que se soit. Cependant, il est passionné par tout ce qui tourne autour de la justice. Son entourage ne comprend pas trop comment une personne avec un si mauvais fond peut suivre des cours de droit.
Quant au Nettoyeur, c'est un personnage de caractère contradictoire. Soumis mais imposant, franc mais timide, peureux mais aventurier, fainéant mais beacoup de volonté, têtu mais raisonnable... Lui et notre héros étudient tous deux le droit. Le Nettoyeur a choisi ça par défaut : il déteste ça mais il fallait qu'il trouve quelque chose... apparemment, le destin les a lié pour une raison ! En tout cas, notre héros aura du fil à retordre avec ce Nettoyeur. Ils ne savent évidemment pas, qu'ils devront faire quelque chose pour changer ... quelque chose !