Voilà ma théorie (c'est un peu long =p) :
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L'univers est apparu et avec lui Arceus qui engendra Dialga et Palkia afin de contrôler les flux du temps et de l'espace déjà existants mais assez chaotiques; avec eux Giratina qui veillent à l'équilibre entre les dimensions.
La terre s'est formée naturellement des milliards d'années plus tard, Arceus créa alors Kyogre pour l'établissement des océans et le contrôle total de l'eau présente sur Terre. Avec lui, il créa Groudon afin d'ériger les continents, les îles et contrôler les flux magmatiques qui dérivent les continents.
Parallèlement Rayquaza fut créer pour établir une atmosphère et veiller à l'équilibre entre les 2 autres titans (il reste donc éveillé en permanence et veille sur la Terre).
Vient ensuite les premiers êtres vivants non déiques avec Mew et les 3 Elfs en tête de liste. Disons que ces 4 là ont été crées en même temps (ils se ressemblent je trouve). Mew a donné d'autres pokémons, et le trio leurs à conférer intelligence, sagesse et courage.
La Terre maintenant formée est assez "stable", les minerais, les glaciers, le pétrole... se forment petit à petit et apparaît alors des Rejis (non uniques donc). Les hommes étant encore absents sur Terre, la Nature est présente partout et sa puissance se traduit par l'apparition de Regigagas, combinaison de plusieurs Rejis, qui veillent sur les montagnes, rassemblent des îles... là encore je ne le considère pas unique mais extrêment rare.
Les fôrets, les mers, les volcans... sont "imposants" ou "omniprésents" (je ne sais pas trop comment l'expliquer) enfin bref, leurs forces sont telles qu'elles finissent par s'exprimer à travers des pokémon : Célébi, Manaphy et Heatran.
Voilà alors l'apparition de l'humanité (pas immédiate bien entendu !), au fur et à mesure de l'évolution, les peurs des hommes se sont traduites par l'apparition de Darkrai qui s'est nourrit de leurs cauchemars. Les 3 Elfs pour contrer ce "mal" ont façonnés Cresselia grâce à la force de Lune (le Soleil est une force trop puissante, elle se rapproche un peu d'Arceus, le trio n'est pas à l'égal de Dieu). Darkrai étant moins majoritaire, il continue d'exister en plongeant des humains dans des cauchemars interminables dont seul Cresselia est capable d'y mettre fin.
Les hommes et les pokémons cohabitent mais la dominance de l'un va parfois jusqu'à la mort de l'autre (épisode des 3 pokémons qui ont péris dans la Tour sacrée de Johto). Ho-oh fut alors engendrer par Rayquaza (lui parce qu'il est chargé de veiller sur la Terre) pour s'assurer de la bonne entente entre humains et pokémons. Pour cela, Ho-oh ressuscita les 3 pokémons (sous un aspect différent) et en fit ses missionnaires (Raikou, Entei et Suicune portent tous les 3 la "marque" de Ho-oh = nuage dans le dos qui rappelle le ciel et donc le phénix).
Pour équilibrer, cette force, Lugia fut créer (là où Ho-oh veille sur les êtres vivants, Lugia veille sur la nature). Ses trois missionnaires étant le trio d'oiseaux Artikodin/Electhor et Sulfura.
Ces 2 là étant très puissants (un peu les disciples de Rayquaza, Dieu terrestre) ils vivent à l'écart (ciel et abysse).
Les légendes et croyances humaines ont formés Jirachi pour les étoiles puis Latios et Latias qui ont par la suite gardés certaines cités anciennes des humains.
Les humains étant ce qu'ils sont (:roll:), ils se sont amusés avec de l'ADN de Mew pour en faire Mewtwo (la suite on connaît).
Ils polluent de plus en plus la Terre et Shaymin, sorte de messager de Dame Nature qui est le fruit de l'évolution (si la pollution est de plus en plus importante, la nature contre en formant des pokémons résistants) joue son rôle à l'abri des regards.
Pour finir, Deoxys est une forme de vie extraterrestre, engendré par Arceus (qui ne s'est donc pas intéresser qu'à la Terre) sur une autre planète, qui peut modifier son ADN et voyager dans l'espace.
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encore quelques points flous (si les pokémons ont été crées, qui a crée les humains ?) mais voilà comment je vois globalement les choses, si vous avez des remarques elles sont les bienvenus ! (merci à ceux qui ont tout lu

)